Au début du XXème siècle, les documents d’époque révèlent l’existence de deux instruments : un orgue de chœur de 3 jeux placé dans un buffet du XVIIIème et un orgue de tribune dont les deux buffets encadrent la rosace.

En 1943, devant la dégradation de ces 2 orgues, l’abbé Delagarde, curé de Brunoy, commande un nouvel instrument à la maison Jacquot-Lavergne. L’orgue d’esthétique post-romantique comprend 10 jeux repartis sur 2 claviers expressifs et un pédalier. La transmission est mécanique et pneumatique pour partie :

• Grand orgue : bourdon 16, montre 8, flûte-harmonique 8, prestant 4
• Récit : cor de nuit 8, gambe 8, voix céleste8, plein-jeu III, trompette 8
• Pédalier : soubasse 16 (reprise du GO) avec tirasses Grand orgue et Récit
• Accouplement : Récit sur Grand orgue

L’orgue est inauguré par Marcel Dupré le dimanche 13 janvier 1946.

Dans les années 1990, après 50 ans de service, s’est posée la question de sa restauration. La restauration de l’église elle-même, entreprise entre 1999 et 2005, a toutefois révélé les limites de cet orgue : buffet inesthétique, sonorité post-romantique mate et de qualité moyenne, qui s’accordaient mal à l’univers décoratif du monument, qui retrouvait alors tout son éclat.

Le projet d’un orgue neuf s’est donc imposé et a été lancé par la Ville de Brunoy, les Amis des orgues et la Paroisse. L’orgue Jacquot-Lavergne a été transféré, par les soins des Amis des orgues avec un soutien financier de la Ville dans une autre église de Brunoy, Saint-Pierre-Fourier. Ce nouveau lieu favorise son épanouissement sonore. Son esthétique post-romantique vient en complément des autres orgues de Brunoy et des environs. Depuis sa réinstallation dans cette nouvelle église, il fait l’objet de réparations successives financées par l’Association : remplacement des boursettes, remise à niveau de la transmission pneumatique, remplacement du ventilateur.